Fin whale (Balaenoptera physalus) mitogenomics: A cautionary tale of defining sub-species from mitochondrial sequence monophyly
Résumé
L'avènement des technologies de séquençage parallèle a entraîné une augmentation des études basées sur des séquences complètes d'ADN du génome mitochondrial qui réexaminent le statut taxonomique au sein des espèces et entre elles. La monophylie spatialement distincte dans ces généalogies mitogénomiques, c'est-à-dire le partage d'un ancêtre commun récent entre des échantillons con-spécifiques collectés dans la même région, a été considérée comme une preuve de l'existence de sous-espèces. Plusieurs études récentes sur les cétacés ont utilisé ce critère pour suggérer des révisions taxonomiques intraspécifiques ultérieures. Nous pensons que l'utilisation d'une monophylie intraspécifique et spatialement distincte pour des génomes non recombinés et hérités par clonage est un critère insatisfaisant pour définir des sous-espèces sur la base d'arguments théoriques (dérive génétique) et pratiques (effort d'échantillonnage). Ce point a été illustré par une nouvelle analyse d'une évaluation mitogénomique globale des rorquals communs, Balaenoptera physalus spp. publiée par Archer et al. (2013), qui a proposé de subdiviser davantage la sous-espèce de rorqual commun de l'hémisphère nord, B. p. physalus. La révision proposée était basée sur la détection d'une monophylie spatialement distincte parmi les rorquals communs de l'Atlantique Nord et du Pacifique Nord dans une généalogie basée sur des séquences complètes d'ADN du génome mitochondrial. L'analyse étendue menée dans cette étude (1676 régions de contrôle mitochondriales, 162 séquences complètes d'ADN du génome mitochondrial et 20 loci microsatellites génotypés dans 380 échantillons) a révélé que l'apparente monophylie parmi les rorquals communs de l'Atlantique Nord rapportée par Archer et al. (2013) était due à la faible taille des échantillons. En conclusion, la définition de sous-espèces à partir de la monophylie (c'est-à-dire l'absence de para- ou de polyphylie) peut conduire à des conclusions erronées en raison d'aspects relativement "triviaux", tels que l'échantillonnage. Les processus génétiques de base des populations (c'est-à-dire la dérive génétique et la migration) affectent également le temps écoulé jusqu'à l'ancêtre commun le plus récent et donc la probabilité que les individus d'un échantillon soient monophylétiques.